食管囊肿的症状与囊肿大小、位置及是否压迫周围组织相关，多数小型囊肿无明显症状，仅在体检时偶然发现。
当囊肿增大压迫食管时，核心症状为吞咽困难，呈进行性加重，还可能伴随胸骨后或上腹部隐痛、胀痛，进食后不适感更明显。若囊肿压迫气管或支气管，会出现咳嗽、胸闷、气短等呼吸道症状，严重时可能引发呼吸困难。
少数情况下，囊肿合并感染、出血或破裂，会出现发热、胸痛加剧、呕血或黑便等急症表现。儿童患者若囊肿较大，可能影响生长发育，出现营养不良、反复呼吸道感染等问题。出现上述症状需及时通过胃镜、影像学检查明确诊断，避免延误治疗。
