胃肠神经官能症的发病并非单一因素导致，而是多方面因素共同作用的结果，其中心理因素占据核心地位。现代社会中，长期的精神紧张、焦虑、抑郁或突发的应激事件，会扰乱中枢神经系统对胃肠功能的调节，导致胃肠蠕动和分泌功能失调，进而引发不适。
饮食与生活习惯也不容忽视。不规律饮食、暴饮暴食、长期摄入辛辣刺激或生冷食物，以及熬夜、缺乏运动等不良生活状态，会持续刺激胃肠黏膜，加重胃肠负担，诱发症状。此外，遗传因素可能增加患病易感性，家族中有相关病史者患病风险更高。
部分患者还可能因肠道菌群失衡、既往胃肠疾病史等因素，导致胃肠功能的调节能力下降，最终诱发胃肠神经官能症。综上，心理调节、饮食作息管理对预防和缓解该病具有重要意义。
