肝囊肿的发生被归因于异位胆管。1906年Moschcowitz在研究胎儿肝囊肿时，发现囊肿壁上有异位的胆管组织及长方形上皮细胞内衬。这类囊肿起源于肝内肝内迷走胆管或肝内胆管和淋巴管的发育障碍，导致管腔内容物停滞潴留而成。近年来有人提出后天肝组织退行性改变的说法。
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